מכון יעקב רובינסון נוסד בשנת 2020 בתמיכת קרן אלפרד לנדקר, ברלין (Alfred Landecker Foundation). הוא מתמקד בחקר יחסי הגומלין שבין זכויות אינדיבידואליות וקולקטיביות במגוון דיסציפלינות כגון היסטוריה, משפט, פילוסופיה ומדע המדינה.
המכון נושא את שמו של המשפטן היהודי ופעיל זכויות המיעוטים יעקב רובינסון (1977-1889) אשר פעל הן למימוש הזכויות הקולקטיביות של העם היהודי הן לקידום זכויות האדם האוניברסליות. כחלק ממורשתו של רובינסון, המכון עוסק גם בחקר השילומים והפיצויים.

מרכז קובנר להיסטוריה גרמנית הוקם בשנת 1980 בתמיכת Minerva Gesellschaft für die Forschung במטרה לקדם מחקר בהיסטוריה גרמנית ויהודית-גרמנית.
המרכז נקרא על שמו של ההיסטוריון ריצ'רד קובנר, שהיה דמות המובילה בהקמת החוג להיסטוריה באוניברסיטה העברית בשנות השלושים והארבעים של המאה העשרים.

המרכז לחקר הנצרות הוקם בשנת 1999 הודות לנדיבותם של הוברט ואלדגונד ברנינקמיידר-ורהאן, ונחנך במרץ 2000 בסמוך לביקורו ההיסטורי של האפיפיור יוחנן פאולוס השני בישראל. המרכז מעודד במיוחד את חקר ולימוד הברית החדשה ושורשיה היהודיים, מערכת היחסים ארוכת השנים בין יהודים ונוצרים, תולדות הנצרות בארץ הקודש ותולדות הנצרות המזרחית. המרכז מטפח יחסי גומלין מחקריים עם מרכזי מחקר אחרים באוניברסיטה דוגמת מרכז אוריון לחקר מגילות מדבר יהודה, ועם מכוני מחקר נוצריים אחרים שפועלים בארץ הקודש.

מרכז רוזנצוויג מתמקד בחקר ההיסטוריה, המחשבה והספרות התרבותית גרמנית-יהודית, ומציע תוכנית מלגות לדוקטורטים ופוסט-דוקטורטים מרחבי העולם, ומוביל פרויקטים מחקריים בשיתוף מוסדות בולטים בישראל ובגרמניה. המרכז מפרסם סדרות ספרים ותומך בהוצאתם לאור של מגוון פרסומים, ומארגן כנסים בינלאומיים, סדנאות ופעילויות.