המכון להיסטוריה מאגד ארבעה חוגים היסטוריים: החוג להיסטוריה, החוג להיסטוריה של עם ישראל ויהדות זמננו, החוג למדע הדתות והחוג ללימודים קלאסיים. המכון משמש מסגרת לפעילויות הוראה שונות, שמטרתן להדגיש את אופייה של הדיסציפלינה ההיסטורית ואת תולדותיה, את המפגש בין חברות ותרבויות היסטוריות הנלמדות בחוגים השונים, את הממד ההשוואתי בלימוד ובחקר ההיסטוריה והדתות, ואת אפשרויות השילוב בין חקירת ענף אחד למשנהו.

במכון קיים מסלול מיוחד לתלמידים מצטיינים. לתוכנית המצטיינים של המכון להיסטוריה מתקבלים תלמידים שסיימו שנה א' בחוגים בעלי זיקה היסטורית בממוצע גבוה (היסטוריה, היסטוריה של עם ישראל ויהדות זמננו, לימודי האסלאם והמזה"ת, לימודי אסיה, לימודים רומאניים ולטינו-אמריקניים, מוסיקולוגיה, תולדות האמנות וארכאולוגיה) ולאחר שעברו ראיון קבלה. התוכנית נמשכת ארבע שנים עד לסיום תואר מוסמך במסלול מחקרי. כל תלמידי התוכנית זוכים במלגה בגובה מחצית שכר הלימוד בכל אחת משנות הלימודים.

המכון ממשיך להוציא לאור את כתב העת "היה היה", אשר ייחודו בפרסום מאמרים המבוססים על עבודות מצטיינות של תלמידים לתואר בוגר בחוגים היסטוריים מרחבי הארץ. מלאכת השיפוט, העריכה וההוצאה נעשית בידי תלמידי המכון.